胃肠道透明细胞肉瘤（CCS-GIT）和恶性胃肠神经外胚层肿瘤（GNET）是高级别肉瘤，在这两种肿瘤(以及体细胞性CCS)中都发现了一套常见的平衡染色体易位。最常见的融合是EWSR1-ATF1和EWSR1-CREB1，它们将位于22q12的EWSR1基因与位于12q13的ATF1(激活转录因子1)基因或位于2q34的CREB1(环磷酸腺苷响应结合蛋白1)基因配对。