EBV具有强大的淋巴细胞生长转化能力，并与淋巴增生性病变和恶性淋巴瘤相关。与EBV相关的淋巴瘤包括B细胞来源的Burkitt淋巴瘤（BL）、霍奇金淋巴瘤（HL）、弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）、移植后淋巴细胞增殖性疾病（PTLD）、NK/T细胞淋巴瘤等。EBV相关的淋巴瘤多为恶性肿瘤，预后极差，传统的手术、化疗及放疗疗效不佳，并伴严重的不良反应。淋巴细胞中潜伏感染的EBV可表达两种不翻译成蛋白质的RNA（即EBV-encoded RNAs,EBERs),包括EBER1和EBER2。
鼻咽癌以鳞癌最常见（95%以上），病理上可分为角化性、非角化性以及基底细胞癌三类，其中主要是非角化性未分化型癌，EBV几乎是非角化型鼻咽癌的必要因素。IARC认为有充分证据表明EBV的致癌性，可通过FISH检测NPC组织中EBV编码RNAs鉴定EBV。
根据TCGA分子分型，胃癌可以分为EBV阳性、MSI、MSS以及染色体不稳定这四个亚型，前二种类型的胃癌合适以PD-1/L1为代表的免疫治疗。EBV阳性大约占胃癌的9%，此亚型常伴有大量CD8+细胞毒性T细胞（CTL）浸润，同时存在显著的PDL1高表达。与EBV阴性类型相比，EBV阳性类型胃癌的总生存有显著的延长，被认为是胃癌患者与预后较好相关的基因变化，对免疫疗法和化疗诱导的肿瘤凋亡也更加敏感，因此推荐进行EBER原位杂交诊断。
