临床上少见的AKAP9-BRAF重组和BRAF基因K601E点突变常与辐射相关的乳头状癌发生有关。 许多学者提出BRAF突变和重排阳性的甲状腺癌患者相对于阴性的患者而言具有更强的侵袭性，从而在治疗上需要施行行甲状腺全切术加中心淋巴结清除，术后需要更高剂量的放射性碘治疗，更低的促甲状腺激素抑制，并且密切随访。 BRAF突变和重排有助于在细胞形态学不典型和取样不佳的情况下做出比较有效的诊断，在细胞形态不典型和可疑时对明确肿瘤的性质具有重要意义。

中枢神经系统胶质瘤的一种分子分型，>75%毛细胞星形细胞瘤可见，50%的纤维性星形细胞瘤可见。 BRAF是位于7q34的原癌基因，至今发现约有60%-80%的毛细胞型星形细胞瘤患者伴有KIAA1549-BRAF基因融合。 通过FISH对此融合基因进行检测，在低级别胶质瘤的鉴别诊断中能发挥一定作用《中国中枢神经系统胶质瘤诊断与治疗指南（2015）》。阳性提示是毛细胞星形细胞瘤或纤维性星形细胞瘤。